Caso não queira efetuar o fullbackup de toda a conta e sim de apenas um diretório, indicamos um procedimento feito também no cPanel através do Gerenciador de Arquivos. Nesse exemplo estaremos efetuando o backup do diretório public_html/ .
Entre no seu cPanel e no menu "Files" procure a opção "File Manager":
Selecione o diretório que deseja compactar e clique com o botão direito, em seguida "Compress":
Selecione o tipo de compactação que desejar, e também em qual local o backup será gerado. Não indicamos que seu backup fique na pasta public_html/ por questão de segurança. Nesse caso, deixaremos no home do usuário:
Após isso o Backup será gerado. Geralmente em poucos minutos, pois depende da quantidade de arquivos e espaço em disco total da pasta
INFO
OBS: Diferentemente do fullbackup que só pode ser feito das 22h00 às 06h00, o backup de um diretório pode ser efetuado em qualquer horário do dia.